Compiz まわりの設定とか
これと似た現象がおきた。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=17252
もともと Compiz が有効だったのだが、なぜか
システムがハング→強制終了→再起動
したら Compiz が有効にならなくなった。
gconf-editor で
apps - metacity - general - compositing_manager
がオンになっていたのでオフにしたら症状が治った。
GNOME の動きがよくわからない。